De verhaallijn van seizoen twee gaat verder waar seizoen één ophield: met de moord op Gaius Julius Caesar in 44 voor Christus en de bijna gelijktijdige dood van Niobe, de vrouw van Caesars trouwe lijfwacht Lucius Vorenus. Vorenus werd uit zijn functie ontheven nadat hij ontdekte dat Lucius, zijn veronderstelde kleinzoon, in feite Niobe's onwettige zoon was. Vorenus wordt nu bijna gek van zijn falen om Caesar te beschermen, zijn rol in de dood van zijn echtgenote en de geruchten over de moord op zijn van hem vervreemde dochters.